はい、可能です。
ROBOBUILDERはコントロールボックスに登録したリモコンからの信号のみに反応して動作します。登録していないリモコンの信号は受け付けません。
但し、複数のリモコンからの信号を同時に受信すると、混信して動作しない場合があります。

ROBOBUILDERのコントロールボックスにリモコンを登録する方法は、USER'S GUIDEの73～74ページをご覧ください。

1つのコントロールボックスには、5つのリモコンを登録できます。5つ以上登録すると、あとに登録された5つのみを認識します。