最近はarmもcortexに主流が移りつつある様です。単純に早くてうまいのであれば使いたくなるものでもありますが、sam3sシリーズにはsam7sシリーズと端子の互換性がある程度確保されたものがあるので、チップを貼り替えさえすればいっちょあがりなんてぇ事になればなお幸せ。
ソースの互換性はコアの違いから期待してもしょうがないところでもありますが、ペリフェラルは大差無い部分も多いので結構使いまわせましたし、JTAG経由の書き込みも難なく使えています。
メルトダウン後の処置の目途が立つ頃にはベステクでも何かこさえる気分になるかもしれませんが(逆かな)、自前で貼り替えてもハードルは低いので遊べるでしょう。