Digitus STM32F3用ブートローダの情報が不完全でしたので本日補完しました。

STM32F3 Bootloader

ST社のDfuSeというツールを使えばUSB経由でチップのフラッシュへ書き込む事ができますが、その前にBOOT0端子(CN2-38)を3.3V端子(CN1-2)につないでからUSBケーブルを接続してください。