最近かなりバリバリと細かいパッチが当たってるので放置してたが、ちょっとばかりアップデートして試してみた。が、どのようにしてもマトモに動かない。
J-LINKではサラッと動くトコを見るとft2232依存っぽい。どうもjtag_kHzの挙動が予想と違う感じと思ってデバッグしてみると、FT2232Hのサポートが影響してた。
configure時に無指定だと--enalbe-ftd2xx-highspeedになるので、--disable-ftd2xx-highspeedを追記してみると解決するでしょう。

6/21追記:
svn 2295からデフォルトでwant_ftd2xx_highspeedがnoになったので、追加しないでも支障は無くなりました。