#include <SAM3S4.h>
#include <piocfg.h>
static const TPin pins[] = {
  { PIO_PA0, PIOA, ID_PIOA, PIO_OUTPUT_0, PIO_DEFAULT },
};
int main () {
  volatile int i;
  PIO_Configure (pins, PIO_LISTSIZE (pins));
  for (;;) {
    PIOA->PIO_SODR = 1;
    for (i = 0; i < 10000; i++);
    PIOA->PIO_CODR = 1;
    for (i = 0; i < 10000; i++);
  }
}

試しにトグル出力させるプログラムを確認していたら勝手にDutyが変更されていた。
いくつか試してみるとfor文を空で回していることが原因らしく、for文内に何らかの処理を指定することでトグル出力されるようになった。
nopもそのうち使えなくなるしどうしたものか。